NDK1.6でました

Android Developers Blog: Now available: Android 1.6 NDK

NDKの次期リリースでOpenGL ESサポート - 組み込みの人。で書いたとおりOpenGL ESがサポートされるようになりました。
san-angeles というOpenGL ESを使うサンプルプログラムが含まれています。

ディレクトリ構成も変わりましたし、ビルドスクリプトにもたくさんのバグ修正があるようですからNDK1.5から移行するのがよさそうです。