NDKの次期リリースでOpenGL ESサポート
HOWTO linking with OpenGL ES and other libraries
http://groups.google.co.jp/group/android-ndk/browse_thread/thread/7a38eaa2cc50b874
時期は未定ということですが、NDKの次のリリースではOpenGL ESがサポートされるということです。
オープンソースリポジトリのdevelopment.git で見ることができます。
http://android.git.kernel.org/?p=platform/development.git;a=tree;f=ndk;hb=HEAD
以下のインクルードヘッダがありました。
GLES/gl.h GLES/glext.h GLES/glplatform.h KHR/khrplatform.h